İnsan ırkının dünyayı terk etmesine neden olan afetlerin üzerinden 1000 yıl geçmiştir ve Nova Prime artık insanoğlunun yeni gezegenidir. Efsanevi komutan Cypher Raige, uzun görevinden ailesinin yanına döndüğünde 13 yaşındaki oğlu Kitai'yle de ilk kez tanışır. Bir meteorun çarptığı uzay gemileri dünyaya zorunlu iniş yapınca ağır yaralanan Cypher'ı kurtarma görevi hayatı boyunca onu örnek alan Kitai'ye düşer. Kitai sonunda babası gibi başarılı bir asker olma şansını yakalamıştır.